V roce 1996 došlo ke katastrofě, kdy zhoubné viry vyhubily devadesát devět procent lidstva. Ti, kteří přežili, se ukryli v podzemí. Příběh samotný začíná roku 2035, kdy se vědci pokouší pomocí stroje času proniknout do minulosti a katastrofě zabránit. Jedním z dobrovolníků je vězeň James Cole, který se po nepříliš přesné cestě do minulosti ocitne v roce 1990. Je zadržen policií a skončí v blázinci, když se pokouší lékařské komisi vysvětlit, že je z budoucnosti. Jeho úkolem je vypátrat něco o skupině ekologických teroristů, která si říká 12 opic a pravděpodobně zavinila vypuštění smrtících virů. Po svém návratu vysvětlí vědcům, že ho poslali do špatné doby, a okamžitě nastoupí další cestu. Nakrátko se ocitne v zákopech první světové války, kde je raněn do nohy, a pak se přenese do roku 1996. Opět se setká s doktorkou Railyovou. Unese ji a společně s ní pokračuje v pátrání po 12 opicích.