Filmový režisér a producent, herec divadla Sklep se narodil na Silvestra roku 1959 v Praze. Pochází z herecké rodiny - herectví se věnuje jeho otec Ladislav i mladší bratr Ivan. Vystudoval gymnázium s vyznamenáním v roce 1979. Studoval na Pedagogické fakultě, kde ukončil sedm semestrů v oboru matematika - chemie. Odešel, protože ho škola nebavila. Od počátku osmdesátých let pravidelně účinkuje s kultovním pražským divadlem Sklep. Kolegové z divadla ho inspirovali i k zájmu o film. Dva roky pracoval ve Filmovém Studiu Barrandov jako rekvizitář, připravoval se na přijímací zkoušky na FAMU v Praze, kam byl v roce 1985 přijat na obor filmová a televizní režie.

Na FAMU natočil své první krátkometrážní filmy, z nichž zejména televizní cvičení Týden na obrazovce a půlhodinový film Sedm vyvolaly nemalou odezvu na festivalech a mezi diváky. V porevolučním roce 1990 přerušil Trojan studium FAMU v pátém ročníku, aby natočil svůj celovečerní debut podle scénáře spolužáků Petra Jarchovského a Jana Hřebejka Pějme píseň dohola (poprvé se v tomto filmu objevila před kamerou Aňa Geislerová). V roce 1991 Trojan odpromoval na FAMU.

V roce 1992 natočil pro Českou televizi dvoudílný film Penziónek, který mapuje nejlepší skeče a písně Divadla Sklep na přelomu 80. a 90. let. V témže roce založil s kolegy Tomášem Hanákem a Jiřím Burdou Filmovou a televizní společnost Total HelpArt T.H.A., která se zaměřuje na produkci celovečerních filmů, výrobu audiovizuálních děl a na manažerskou činnost pro Divadlo Sklep. O rok později režíroval již v produkci Total HelpArtu divácky velice úspěšnou adaptaci „sklepovsko-havlovského" dramatu Mlýny.

Total HelpArt T.H.A. v současnosti patří k nejúspěšnějším producentským společnostem vůbec. Spolupracovala na filmech Jana Hřebejka (Pelíšky, Musíme si pomáhat, Pupendo, Horem pádem, Kráska v nesnázích, Medvídek A U mě dobrý), a může se tedy pochlubit nominací na Oscara za nejlepší zahraniční film (Musíme si pomáhat) a několika Českými lvy. Na prestižní cenu americké Akademie bylo nominováno i výpravné historické drama Želary, které Ondřej Trojan sám natočil podle knižních předloh Květy Legátové Želary a Jozova Hanule. Tímto filmem Trojan dokázal, že je nejen schopný producent, který dovede vycítit silnou látku, ale i velice zručný režisér.

Ondřej Trojan je členem prezídia Filmové a televizní akademie.