Narodil se jako jediný syn ze čtyř dětí (má tři sestry: Lee Anne De Vette – * 1959, Marian – * 1961 a Cass – * 1963) inženýra elektronika Thomase Mapothera III. (1934–1984) a jeho ženy Maryi Lee Mapotherové. Jeho mateřský původ je napůl irský a napůl německý. Rodina se často stěhovala, jelikož byl jeho otec zaměstnancem firmy General Electrics. Tom žil v Ottawě, Ontariu, Kanadě, Louisvelle, v Kentucky, ve Winetce, Illinois, ve Wayne a v New Jersey. Dohromady navštěvoval Tom osm základních škol a tři střední. To vyřešila Tomova matka v roce 1974 (když bylo Tomovi 15 let) rozvodem a našla si nového přítele Jacka Southe.

Krátce navštěvoval františkánský seminář v Cincinnati a usiloval o to, aby se stal katolickým knězem. Nakonec absolvoval Geln Ridge Ridge School v New Jersey, ale trpěl dyslexií. Nedávno se Cruise zmínil, že trpěl týráním dětí. Svému otci prý přezdíval „tyran a zbabělec“ a „obchodník chaosu“. Tom Cruise miloval sport, který ho také přivedl k herectví. V roce 1980 hrál v divadelním představení Guys and Dolls a poté se rozhodl změnit své dosavadní plány a stát se hercem. Zanedlouho odjel do New Yorku, kde ho však všichni odmítají až na režiséra Franca Zeffirelliho, který mu nabídl roli Billyho ve filmu Nekonečná láska (Endless Love) v roce 1981 a téhož roku také ztvárnil roli Davida Shawna ve filmu Večerka (Taps).

První hlavní roli si zahrál Cruise ve filmu Panictví po Americku (Losin' It) v roce 1983 a následoval film Riskantní podnik (Risky Business). Dále ho obsadili bratři Scottové ve snímku Legenda (Legend) a pak v akčním trháku z leteckého prostředí Top Gun v roce 1986, kde si zahrál sebevědomého pilota Peta 'Mavericka' Mitchella, čímž mu odstartovali skutečnou hereckou kariéru.

Následovala herecká obsazení ve filmech jako Barva peněz (Color of Money, The), v roce 1988 následoval Koktejl (Cocktail), nebo snímek v oskarovém filmu Rain Man z roku 1988, kde však Oskara nezískal. Následovaly filmy Mladé pušky (Young Guns; 1988), Narozen 4. července (Born on the Fourth of July; 1989), Navždy a daleko (Fard and Away; 1992), nebo film Firma (Firm; z roku 1993).

Honoráře za jednotlivé role nepatřily zrovna mezi nejmenší a jeho jedna z největších (75 000 000 dolarů) byla ve filmu Mission: Impossible II, za roli Ethana Hunta z roku 2000. Nemalou částku také získal za postavu upíra Lestata ve filmu Interview s upírem (Interview with the Vampire z roku 1994) z něhož si odnesl částku 15 000 000 dolarů. Na rok 1994 to byly pro herce velice slušné peníze. Dále si odnesl za roli v dramatu Jerry Maquire 20 000 000 dolarů; poté následovaly role v erotickém thrilleru Eyes Wide Shut z roku 1999 a role ve filmu Magnolia.

Mezi jeho nejznámější role patří ve filmu Vanilkové nebe (Vanilla Sky) z roku 2001, kde ztvárnil Davida Aamessia a zahrál si s Penelope Cruz, Cameron Diaz a Kurtem Russellem. Dále snímek Poslední samuraj (Last samurai, The), který se natáčel na Novém Zélandu roku 2003, kde ztvárnil Nathana Algrena. Mezi novější role patří ztvárnění Raye Ferriera ve filmu Válka světů (War of the Worlds) z roku 2005 a velice úspěšný trhák Mission: Impossible III z roku 2006.