Mark Waters vystudoval režii na Americkém filmovém institutu. Pozornost Hollywoodu si získal snímkem The House of Yes, pro který adaptoval scénář, a který i sám režíroval. Pro studio Universal režíroval komedii Vzhůru nohama. V roce 2003 režíroval komedii Mezi námi děvčaty s Jamie Lee Curtis a Lindsey Lohan. Následoval hit Protivný sprostý holky s Lindsey Lohan a Tinou Fey, a v roce 2005 A co když je to pravda? S Reese Witherspoon a Markem Ruffalem. Mark Waters žije v Los Angeles se svou ženou, herečkou Dinou Waters, a jejich dvěma dcerami Zoe a Alex.