Vystudoval divadelní výpravu na Notthingham Trant University. Nějakou dobu pracoval pro kanál BBC, kde se podílel na výrobě trailerů a televizních filmů. Jméno si však vydobyl jako svérázný tvůrce reklamních šotů. Režíroval originální reklamy například pro Nike, Stellu Artois, Wrangler nebo Volkswagen. Dvěma pravděpodobně nejznámějšími reklamami jsou Odyssey pro Levi Strauss Jeans a Surfer pro irské pivo Guinness.

Zajímavou kauzou je natáčení reklamy pro mobil Motorola Red. Koupí tohoto telefonu zákazník přispíval na podporu organizací bojujících v Africe proti šíření AIDS. Glazerova reklama, v níž se z kusu masa otáčejícím se na hrnčířském kruhu vymodeluje nahý africký pár v milostném objetí, skončila v šuplíku a šéfové Motoroly prohlásili, že spot nikdy nespatří světlo světa. Přesto si skrytou cestu na YouTube našel a stal se díky této aféře velmi proslulým.

Důležitou kapitolu v Glazerově biografii tvoří videoklipy. Točí je od roku 1995. Děj je zpravidla minimalistický, ale pečlivě budovanými obrazovými kompozicemi vytváří pro každé video specifickou atmosféru. Poprvé na sebe upozornil klipem Street Spirit pro kapelu Radiohead. V černobílém mystickém klipu využíval kameru pro ultrarychlé snímání, díky níž mohl následně rozložit rychlost pohybu postav v popředí i pozadí scény. Pro Radiohead natočil také klip Karma Police (1997). Ten mu vynesl uznání veřejnosti, i cenu MTV pro nejlepšího režiséra roku 1997. V žebříčku sta nejlepších hudebních videí všech dob, který sestavila MTV se ocitl jeho taneční spot pro Jamiroquai Virtual Insanity (24. místo). Glazerovy klipy často využívají skryté metafory a pracují se symboly a náznaky. V tomto ohledu nejdále zašel s oceňovaným Rabbit in Your Headlights (1998) skupiny Unkle. Dodnes se vedou spory o to, zda není bezdomovec kráčející tunelem ztělesněním Ježíše a vykupitele lidstva a zda bunda, kterou odhodí, nepředstavuje svědomí, apod.

Celovečerní debut přišel v roce 2000 spíše průměrnou gangsterkou Sexy Bestie se skvělým Benem Kingsleym v nezapomenutelné vedlejší roli. Druhá šance přišla v roce 2004. Mysteriozní Zrození bylo však i přes účast Nicole Kidman přijato taky víceméně chladně. O rok později byl však Glazer osloven partou Jonze-Gondry-Cunningham, jestli by nechtěl vydat výběr ze své krátké tvorby v jejich "Director's Label". Jako páté v pořadí tedy vyšlo DVD The Work of Director Jonathan Glazer, které shrnuje to nejlepší z jeho reklam a klipů.

V roce 2013 - tedy po dlouhých devíti letech od Zrození - přišla na plátna kin jeho ambiciózní sci-fi Pod kůží, jejíž obsah bohužel více než myšlenková náplň proslavila (umělecky ztvárněná) nahota herečky Scarlett Johansson. Další pauza na poli celovečerního filmu pak trvala plných let deset, ovšem návrat stál za to.

Promyšleně odtažité a minimalistické drama Zóna zájmu, pojednávající o rodině válečného zločince Rudolfa Hösse, víceméně poklidně žijící jen pár metrů od plynových komor koncentračního tábora, vyneslo svému režisérovi nejen další várku respektu od mnoha kritiků a kolegů z oboru (včetně například Stevena Spielberga, režiséra Schindlerova seznamu, 1993), ale i Oscara za nejlepší neanglicky mluvený film roku.