Absolvoval studium na Vysoké škole múzických umění (VŠMU), obor dokumentární režie v Bratislavě (1991–1998). O rok později zde začal působit jako doktorand a od roku 2003 jako pedagog.

Věnuje se především dokumentární tvorbě. První filmy natočil už během studia. Jeho režijním debutem byl 16minutový snímek Človek o knihe, kniha o človeku, který produkovala Slovenská televize. V roce 1996 natočil další 16minutový film Jozsef Balog, Príbenník v produkci VŠMU.

Třetí, 50minutový film, natočený v koprodukci společnosti ARS Media, Slovenské a České televize Ladomírske morytáty a legendy (1998) zachycuje subjektivní vzpomínky obyvatel obce Ladomirová.

Do kinodistribuce vstoupil až šestým filmem 66 sezón (2003), ke kterému napsal i scénář. Jde o dlouhometrážní dokument, který zachycuje 66 sezón Staré plovárny v Košicích. Příběh dějin plovárny rámují obrazové vzpomínky režiséra na jeho dědečka. Nostalgický nádech snímku doplňuje vyprávění jeho babičky.

V roce 2004 a 2005 následovaly snímky Helpers a Pomník. Dokument Helpers je epizodou mezinárodního projektu Přes hranice, Über die Grenze – Fünf Ansichten von Nachbarn, v níž se pět režisérů pokusilo zobrazit zkušenosti nových členů Evropské unie, zejména ve vztahu ke starému členskému státu – Rakousku. Dokument Pomník je součástí 10dílného projektu Pomníky – staronová tvář Evropy, který vznikal po připojení nových států do Evropské unie. Každý díl představuje danou zemi prostřednictvím příběhu pomníku. Slovenský dokument vypráví příběh o maketě pomníku partyzánům, kterou kdysi filmaři zapomněli rozebrat, a ta se tak stala skutečnou vzpomínkou na hrdinství bojovníků.

V roce 2008 dokončil Kerekes druhý dlouhometrážní dokument Jak se vaří dějiny, jehož hrdiny jsou vojenští kuchaři z různých koutů Evropy. Film získal Zvláštní cenu poroty na MF dokumentárních filmů Hot Docs Toronto. Dokumentární snímek Svatba a rozvod z rozumu (2013) vznikl v rámci česko-slovenského koprodukčního projektu Colnica, který vznikl u příležitosti 20 let existence samostatných států.

V roce 2018 natočil Kerekes dokument BATAstories (česky Baťa, první globalista), který vznikl v koprodukci České televize a francouzsko-německé televizní stanice ARTE. Dokument představuje osobnosti Tomáše Bati i Jana Antonína Bati, jejich názory a hodnoty, spojující v sobě silný individualismus, dravé kapitalistické podnikání a zároveň silné sociální cítění. Vychází z historických faktů, ale i výpovědí bývalých zaměstnanců baťovských továren. Zobrazuje také život baťovských pokračovatelů na čtyřech kontinentech.