hristopher McQuarrie se narodil v roce 1968 v Princeton Junction, New Jersey, kde také navštěvoval střední školu s režisérem Bryanem Singerem. První rok po ukončení školy pracoval v zahraničí na internátní škole v západní Austrálii, po návratu do USA pracoval čtyři roky v detektivní agenturě v New Jersey.

V roce 1991 byl osloven Singerem na psaní scénáře pro jeho první celovečerní film, Public Access. V roce 1993 film vyhrál Cenu poroty na Sundance Film Festival. V nadcházejícím roce, McQuarrie napsal film Obvyklí Podezřelí, který měl premiéru v roce 1995 na Sundance festivalu, film také sklidil velkou slávu a byl za něj dokonce nominován na Oscara za nejlepší scénář. McQuarrie spolupracoval se Singerem na dalších dvou filmech, v roce 2008 na Valkýře a v roce 2013 na Jackovi a obrech. McQuarrie také rád spolupracuje s Tomem Cruisem, se kterým se poprvé sešli při filmu Valkýra a poté jako režisér režíroval jeho dva filmy, Jack Reacher: Poslední výstřel a Mission Impossible - Národ grázlů.

McQuarrie v současnosti žije v Los Angeles a má ženu Heather McQuarrie.