Jako malý kluk sedával Henry Selick v kuchyni v New Jersey a vyprávěl své matce o Jiném životě v Jiné rodině v Africe a maloval při tom obrázky zvířat. Maminka říká, že jeho pohádky byly tak barvité, že někdy sama věřila, že je to pravda. Maloval stále – obrázky orlů, koní, lvů, draků a později sportovních aut Jaguár. Líbila se mu neobvyklá, strašidelná animace, jako třeba Fantasia nebo Legenda z Ospalého údolí, ale především filmy Raye Harryhausena Sedmá Sindibádova cesta a Jáson a Argonauti.

Někdy na otci vyškemral, aby mu půjčil 16mm kameru Kodak. Učil se na piano, ve školní kapele pískal na tátův starý klarinet, a když jeho sestra odložila elektrickou kytaru, hrával na ní v rockových kapelách (jedna se např. jmenovala “Mlhavá krása”.) Na střední škole zápasil ve wrestlingu a vynikal ve sportech.

Ještě než mu bylo dvacet, studoval malování, kresbu, fotografování, sochařství a tiskařství na univerzitě v Syracuse a při tom ještě pracoval a hrál na kytaru v kapele Shark River. Poté, co viděl experimentální animovaný film, si uvědomil, že všechno, o co se kdy zajímal, může být obsaženo v jednom oboru. Pro studium animace si vybral školu CalArts v kalifornské Valencii. Jeho spolužáky byli Brad Bird, John Lasseter, John Musker, Tim Burton, Rick Heinrichs nebo Joe Ranft. Školu dokončil se dvěmi krátkými filmy Phases a Tube Tales.

Brzy začal pracovat na plný úvazek pro studio Disney. Získal grant na krátký animovaný film Seepage - experimentální studii kombinující kreslenou animaci se stop-motion loutkami v životní velikosti. On i jeho žena pracovali na filmu Johna Kortyho Kdysi hodně dávno. Následně Henry Selick maloval storyboardy a dělal design k filmům Return to Oz, Hansel and Gretel nebo Louskáček. Jeho videoklip k písni Party at Ground Zero skupiny Fishbone vyhrál ceny za nejlepší režii a dekorace.

Ve své produkční společnosti vytvořil několik kritiky oceňovaných upoutávek pro televizní stanice MTV a reklam, včetně mimořádně úspěšného spotu na crackery Ritz Bits, ve kterém stovky crackerů lyžují na arašídovém másle a létají na měsíc, aby tam našly sýr. V roce 1990 získal ocenění za originální seriál pro MTV, Slow Bob in the Lower Dimensions. Ve stejné době vznikaly Ukradené vánoce Tima Burtona, který Selicka požádal, aby je režíroval. Film byl prvním stop-motion animovaným filmem, který udělalo velké studio. Film byl nominovaný na Oscara pro nejlepší vizuální efekty. V roce 2006 byl snímek remasterován a znovu vydán v digitální 3-D podobě.

Ve svém dalším projektu Jakub a obří broskev propojil světy stop-motion a počítačové animace s hranými pasážemi. Podobně zpracovaný byl i jeho třetí film Opoparchant. V roce 2004, po dokončení animace filmu Život pod vodou, začal pracovat pro společnost LAIKA na přípravách animovaného filmu Koralína a svět za tajemnými dveřmi. V roce 2005 natočil krátký animovaný film Moongirl.

Když nevytváří jiné světy, tráví čas v opravdovém životě se svojí ženou Heather a syny Harrym a Georgem. Mezi jeho koníčky patří surfbiking na amerických severozápadních jezerech a řekách, hraní na kytaru a oprava starých zesilovačů.