Štěpán Skalský se narodil 20. října 1925 v Praze. Během války pracoval jako obchodní příručí. Koncem 40. let si odbyl vojenskou prezenční službu a roku 1949 nastoupil do Československého státního filmu a barrandovského studia.

Začínal jako produkční pokladník a asistent výroby (př. Únos), asistent režie (tř. Velké dobrodružství, Přicházejí z tmy, Dny a noci, Návštěva z oblak, Anděl na horách atd.) a pomocný režisér (Tam na konečné, Tři přání či Letiště nepřijímá). Dvakrát si také zahrál epizodky muže (Zítra se bude tančit všude) a též televizního režiséra (Zkouška pokračuje).

Od začátku 60. let se zaměřil na profesionální režisérskou práci hraného filmu. Ke všem svým snímkům si psal i literární a technické scénáře. Jako režisér debutoval za režijní spolupráce s Jiřím Hanibalem na snímku Všude žijí lidé (1960) z pohraniční horské vesnice. Většina děl Štěpána Skalského se snažila o společenskou angažovanost.

O dva roky později už pracoval samostatně a natočil válečné drama o třech generacích rodiny Koudelkových (Ladislav Pešek, Jiří Němeček a Ladislav Mrkvička) z pražské ČKD na výrobu lokomotiv pod názvem Černá dynastie (1962). Film však byl věnován XII. sjezdu Komunistické strany Československa (KSČ).

Za rok Skalský již stvořil příběh Cesta hlubokým lesem (1963) o vztahu stranických funkcionářů KSČ k bezpartijním. V polovině 60. let do kin připravil špionážní snímek Anděl blažené smrti (1965) o hledání starého nacistického archivu a hned následně příběh pro dětské publikum s Romanem Skamene a s Ivanem Vyskočilem Útěk (1967).

Po odmlčení na konci 60. let stvořil ještě na začátku normalizace melancholickou komedii podle námětu hudebního skladatele Ilji Hurníka (se Skalským se podílel i na scénáři) pod názvem Touha Sherlocka Holmese (1971) o nesplněné tužbě detektiva Sherlocka Holmese (Radovan Lukavský). Nechybí samozřejmě ani věrný Dr. Watson v podání skvělého Václava Vosky.

V první polovině 70. let však byl Štěpánu Skalskému udělen zákaz samostatně točit. Možnost práce mu přinesl režisér Otakar Vávra, na jehož normalizačních velkofilmech z novodobé české historie (tragické dny Mnichova a bitva u Sokolova, jehož se účastnila i vojenská jednotka utvořená v SSSR) Dny zrady (1973) a Sokolovo (1974) se podílel jako druhý – pomocný režisér.

Až v polovině 70. let se navrátil k režisérské taktovce. Ve druhé polovině 70. let tedy natočil psychologické drama o jednom architektonickém podvodu Hřiště (1975), další špionážní film (režíroval ale ve spolupráci s režisérem Josefem Machem) Tichý američan v Praze (1977) a „hygienický“ příběh řeka (1978).

Třemi tituly navázal i v první polovině let osmdesátých. Byl to sociální film Zakázaný výlet (1981), dodnes oblíbená komedie Když rozvod, tak rozvod! (1982) o problémech mladého manželství (Veronika Žilková a Jan Čenský), které ještě „komplikuje“ tchán Arnošt Provazník (Vladimír Menšík), a psychologický film o dvou bratrech (Vladimír Kratina a Ondřej Pavelka) Všechno nebo nic (1984). O pět let později ukončil před odchodem na penzi filmovou kariéru životopisným dramatem o životě bří Čapků Karla (Josef Abrhám) a Josefa (František Řehák) Člověk proti zkáze (1989). Ve filmu se mj. objevila postava herečky Olgy Scheinpflugové (Hana Maciuchová) i prezidenta TGM (Svatopluk Beneš).

Od 50. let Štěpán Skalský pracoval režisérsky a autorsky i pro Československou televizi (např. Agent z Vadúzu z roku 1970, četné pořady, dokumenty a relace). Některé jeho snímky byly promítány i na četných českých a zahraničních festivalech a získaly několik cen.

Sám Skalský obdržel za film Všude žijí lidé (1960) Čestnou adresu Fipresci (1961) na IX. MFF ve španělském San Sebastiánu (s Jiřím Hanibalem), za Anděla blažené smrti (1965) Čestný diplom ministra vnitra ČSSR (spolu s Janem Procházkou a Stanislavem Milotou) s oceněním ideového vyznění filmu (1966), za Útěk (1967) v rámci hodnocení produkce FSB v roce 1967 Peněžitou odměnu (1968). Režisér a scenárista Štěpán Skalský zemřel po dlouhé nemoci 17. září 2004 v Praze, krátce před devětasedmdesátými narozeninami.